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972 wurde der Ort erstmals als „Perchusa“ genannt.
1030 erstmalige Erwähnung einer Kirche in Berghausen, laut Diözesanmatrikel von 1916. Die heutige Kirche ist ein Bau aus dem 18. Jahrhundert.
1130 im 12. Jahrh. war Berghausen im Besitz des Klosters St. Emmeran in Regensburg. Um 1130 erschien ein Gottschalk von Berghausen als Zeuge in einer Traditionsnotiz des
Klosters Weltenburg. Die Herren von Stein (Altmannstein) waren des Klösters Vögte und Schutzherren über die Klostergüter. Den Klosterforst bei Berghausen, das Hayholz bzw.
Berghauser Aichet genannt verwaltete ein eigener Förster.
1455 die Emmeramischen Güter zu Berghausen samt Zehent und der Klosterforst (Aichet) wurden an die Hachsenacker (Hexenagger) übertragen.
1508 in der Kirche befand sich ein Frühmeßbenefizium
1665 in der Kirche war nur ein Altar sie und trug noch das Benefizium St. Ulrich
1723 der Hl. Nikolaus wurde Kirchenpatron und die Kirche hatte nun 3 Altäre
1764 das Deckenfresko zeigt die Inschrift „Andreas Zieglmayr, paur alhir hat dieses gemähl verfertigen lassen“
1854 Renovierungsarbeiten an der Kirche
1875 schrieb Pfarrer Seitz aus Sollern an das Kgl. Bezirksamt in Hemau, dass die Orgel in der Filialkirche Berghausen in einem nicht brauchbaren Zustand war und fragte für
einen Zuschuss an. Der Kostenvoranschlag vom Orgelbauer Bittner aus Eichstätt beläuft sich auf 579 Mark.
1876 Bau einer neuen Orgel durch Orgelbauer Bittner aus Eichstätt.
1886 wurde der Weg nach Altmannstein ausgebaut
1892 im Oktober 1892 ersuchte die Kirchenverwaltung beim Kgl. Bezirksamt in Beilngries um Befürwortung der absolut notwendigen Anschaffung von zwei neuen
Seitenaltären für die Filialkirche Berghausen.
Der Kostenvoranschlag betrug 1681 Mark.
Im Dezember 1893 wurde dies vom Kgl. Bezirksamt Beilngries genehmigt.
Zur Refundierung (Finanzierungsplan) wurde vom Kgl. Bezirksamt eine Aufstellung verlangt. Die Kirchenkasse wies 1891 ein Barvermögen von 502 Mark auf. Der Rest wurde
durch eine 3-jährige Refundierung aus Rentenüberschüssen und Einsparungen aufgebracht. Die Seitenaltäre wurden von Joh. Bapt. Kohlhaupt aus Steinweg gefertigt. Die
Malerarbeiten wurden vom Fassmaler Schweiger aus Reinhausen durchgeführt.
1893 Am 6. Oktober wurden die zwei neuen Seitenaltäre in die Kirche eingebaut.
1900 wurde die Baufälligkeit des Kirchturms festgestellt
1901 Im März wurde das an die Kirche angebaute Feuerwehrhaus abgerissen
1954 in der Gemeinderatssitzung vom 22. Dezember wurde beschlossen, dass für die Kirchenrenovierung der Filialkirche aus dem Gemeindewald Holz eingeschlagen wird.
1959 Am 1. April vollzog sich die Umpfarrung von Sollern nach Altmannstein.
1960 wurde der neue Friedhof mit Leichenhaus in Berghausen gebaut.
1966 die Kirche wurde außen renoviert.
1972 Eingemeindung zur Marktgemeinde Altmannstein
1987 anlässlich einer Fahnenweihe erhielt die Kirche einen neuen Anstrich
1993 Am 24. Juni wurde von Generalvikar Dr. Wilhelm Gegenfurtner der neue Volksaltar eingeweiht.
1999 Im Juli wurde bei einem Dankgottesdienst und einer Prozession der Abschluss der Außenrenovierung gefeiert.
2003 die Innenrenovierung der Kirche mit einer komplett neuen Bestuhlung wurde zum Abschluß gebracht.